Родиной чихуахуа считают многие страны: Японию, Китай, Египет, остров Мальту. Вместе с тем принято мнение, что исторической родиной чихуахуа является Мексика. На ее территории, в районах обитания индейских племен майя, тольтеков, ацтеков и инков были обнаружены как наскальные рисунки и глиняные статуэтки с изображением маленьких собачек, весьма сходных с нынешними чихуахуа, так и их живые особи.
В ходе завоевания Южной Америки испанцами в XVI веке, чихуахуа разбежались по джунглям и жили там более трех столетий самостоятельно без помощи человека.